SEOの今の最大の関心事といえばYahoo！JAPANの
Googleアルゴリズム導入についてですが、この提携について
ヤフーの井上雅博社長が記者向けに説明を行ないました。
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1008/02/news086.html

説明会のなかでは、

• Yahoo！JAPANはWeb、画像、動画検索とモバイル検索で、Googleの検索エンジンと、広告配信技術を採用する。
• 「Google八分の理由が、ヤフーから見ても仕方ないと思えるならノータッチだが、理由がおかしいと思い、検索結果に反映させた方がユーザーにとってありがたい場合は、検索結果に付け加える形で補てんできると思う」（同社の梶川朗 最高財務責任者）
• 検索連動広告のシステムもGoogleのものを採用するが、ヤフーの検索連動広告「スポンサードサーチ」と、Googleの「AdWords」は「統合されない」
• 「Googleからもらっている部分は検索結果の一部」
• 「Yahoo！JAPANとGoogleは、検索エンジンは共通化しても、検索サービスはそれぞれ、今まで通り独自で展開する」
• 検索エンジンの評価は、専門部隊が以前から、定期的に実施。キーワードを「商品系」「地域系」などいくつかのカテゴリーに分けて細分化し、結果の出方などを見て評価する

というようなことが言及されています。一貫して、
「検索結果で、検索エンジンからの情報を引用している箇所は一部。
だから、検索エンジンを共通化することでユーザーに不便は生じない」という主張ですね。
今後、Yahoo！JAPAN検索の動向としては、大きく分けると

• シナリオ１．マイクロソフトの異議申請が受理されて、2008年の米ヤフー・Googleの提携時のように独占禁止法が適用される。（⇒現状維持もしくはBing採用へ）
• シナリオ２．YahooサービスとGoogle検索結果をハイブリッドで表示し、Google検索アルゴリズムを独自に調整。
• シナリオ３．検索画面から地図や広告などYahooサービスだけを切り分け、Google検索結果はそのまま表示。

などがありうると思います。
上記記事の「Google八分～」の下りを見るとシナリオ２が濃厚ではないかと思いますが、
シナリオ３になった場合は、SEOはGoogleに特化したものにしていかなければいけなくなりますね。